Sono passati nove anni da un disastro naturale di dimensioni mondiali. Sullo sfondo di scontri tra forze impegnate a contendersi la supremazia, Naoki, un giovane dal fisico geneticamente modificato, incontra una ragazza a cavallo di una creatura meccanica chiamata Kamui. Si tratta di Hinako, da molti ritenuta la salvatrice del mondo. Naoki e i suoi amici si impegnano a proteggerla dagli spietati attacchi di enormi vermi e di corvi meccanici marziani...